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【昊阅读】人人都爱的不做实验发文章思路。别忘了结合自己的样本验证,文章可以飞得更高哦!

发稿时间:2020-07-08来源:beat365官网生物

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研究思路也给你安排上!



01

SNP相关生信文章

Exploration and detection of potential regulatory variants in refractive error GWAS.影响因子:3.998PMID:27604318期刊年卷:Sci Rep 2016 09 08;6DOI:10.1038/srep33090 

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总结:知道了这三个数据库,SNAP (http://www.broad.mit.edu/mpg/snap)13, RegulomeDB (http://regulomedb.org)6 and HaploReg (http://compbio.mit.edu/HaploReg),我和作者之间还有什么差距??(相关链接:HaploReg数据库14分钟视频教程:是时候让网页帮我挖掘下SNP的调控功能了)

In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.影响因子:4.522PMID:31245852期刊年卷:J. Cell. Physiol. 2020 Feb;235(2)

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总结:只要是能下载一个疾病GWAS的统计总结数据,就能立马乘风破浪来篇这样的文章!M6AVAR数据库:(相关链接:【昊工具】m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库)

02

m6A相关生信文章

Gene signatures and prognostic values of m6A regulators in clear cell renal cell carcinoma - a retrospective study using TCGA database.影响因子:4.831PMID:30877265期刊年卷:Aging (Albany NY) 2019 03 15;11(6)
1 、数据来源与分析目标

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2、  528名患者,发生点突变的少,发生CNV的多。m6A “reader” 基因YTHDC2 发生CNV的样本最多 (55.11%, 291/528) ,其次是m6A  “reader” 和 “writer” 基因METTL3 (30.11%, 159/528)。

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图:528名患者突变谱图(突变样本少)和各基因CNV样本的占比


3 、CNV与基因表达相关,拷贝数增加表现mRNA表达增加,拷贝数缺失表现为mRNA表达降低

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4、 生存分析,提示部分调控基因CNV拷贝数缺失(YTHDC1、METTL14和METTL3)的患者有较差的预后。erasers功能基因的拷贝数增加、writers功能基因的拷贝数缺失与患者的不良预后相关。

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5 、结合以上结果,提示METTL3基因的重要性。研究者对患者分组,选出METTL3高表达和METTL3低表达样本,进行基因组mRNA的差异分析。对获得的差异基因进行功能GSEA富集分析。结果提示METTL3的(缺失)低表达与多种重要的肿瘤生物学信号通路有关,主要为脂质合成途径、mTOR信号通路、异物代谢途径和活性氧途径。

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总结:没有挖过m6A调控基因CNV的肿瘤样本,都值得一挖!



03

CeRNA相关生信文章

Comprehensive bioinformatics analysis of mRNA expression profiles and identification of a miRNA-mRNA network associated with lupus nephritis.影响因子:2.251PMID:32437257期刊年卷:Lupus 2020 Jul;29(8)

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总结:GEO数据库是个大宝藏!(相关链接GEO挖掘操作学起来:如何对GEO数据进行差异分析)

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