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【昊工具】TRRUST: 值得信赖的转录因子-靶基因调控数据库

发稿时间:2020-09-14来源:beat365官网生物

最近小编发现一个宝藏网站,如果您明年基金切入点是转录因子(TF),一定不要错过它:人/小鼠转录因子调控关系的数据库TRRUST(http://www.grnpedia.org/trrust/)

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 ■ 可查询转录因子的下游靶基因
  可查询转录因子的转录因子
  可查询转录因子相关的疾病/通路
  可查询一个基因列表的关键调控转录因子
  原始数据均可下载,用于生信挖掘


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查询一个目标转录因子(以BRCA1为例)

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结果:

1 、转录因子的靶基因(可看到调控类型是抑制还是激活)

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2、靶基因的功能网络图

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3、调控BRCA1的转录因子

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4、调控BRCA1的TF的蛋白互作图

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5、其它和BRCA1同靶点的TF

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6、BRCA1相关的疾病/kegg通路/GO通路

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查询一个基因列表的关键调控TF(以ESR1敲除后的差异表达基因列表为例)

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结果:提示ESR1为最可能的关键调控TF

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数据下载

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TF-靶基因调控数据库被广泛用于其它生信数据库开发,例如2018年发表的RNA-Seq数据挖掘工具(Ge SX, Son EW, Yao R. iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2018 Dec 19;19(1):534. doi: 10.1186/s12859-018-2486-6. PMID: 30567491; PMCID: PMC6299935.),就调用了TRRUST数据库的原始数据。


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